Обработка зерна – очень важный этап в его подготовке, которому «Линас Агро» уделяет особое внимание. У предприятия есть свои хранилища, кроме того, ведется сотрудничество с предприятиями, предоставляющими услуги по хранению зерна по всей Литве. Общая вместимость своих и арендуемых зернохранилищ «Линас Агро» в Литве и Латвии составляет 314 тысяч тонн.

Коммандитное хозяйственное общество УАБ «Линас Агро» Груду центрас управляет элеваторами в городах Йонишкис, Кедайняй, Пасвилис, Шяуляй, Вилкавишкис и  Шакяйском районе. Общая вместимость хранилищ достигает 166 тысяч тонн. На элеваторах установлено технологическое оборудование датской компании «Cimbria Unigrain»“ A/S, электронные весы «Kemek Elektronika», лабораторное оборудование шведской компании «Perten», немецких компаний «Binder», «GFL», «Pleuffer» и др.

Зерно в элеваторы засыпается быстро и удобно, вес устанавливается электронными автомобильными или вагонными весами, а качество привезенного зерна определяется в современных лабораториях. Для объективного определения качества зерна в элеваторах используется автоматическое устройство забора зерна «Rakoraf». Полученный с его помощью образец зерна хорошо перемешивается, и из него автоматически выделяется лабораторный образец для определения качества зерна.

На всех элеваторах одновременно можно принимать и выдавать несколько разных культур. Принимается и неподготовленное зерно, прямо из комбайна. Зерно можно поставить и железнодорожным транспортом, загрузить прямо из автотранспорта в железнодорожные выгоны, или из железнодорожных выгонов в автотранспорт. Мощности элеваторов позволяют принять от 160 до 300 тонн зерна в час.

На элеваторах производится первичная и вторичная очистка зерна, оно сушится и сортируется. Компьютеризированная система проветривания зерна и наблюдения за его температурой поддерживает оптимальный режим хранения зерна.

Кооператив «Купишкио грудай» ЖУК тесно сотрудничает со всеми предприятиями «Линас Агро» и их клиентами. «Купишкио грудай» ЖУК в течение часа может принять 100 тонн зерна, а загрузить – 2-3 вагона. У предприятия есть электронные автомобильные и вагонные весы, автоматический заборщик образцов, современная, в 2006 году обновленная лаборатория исследования зерна, компьютеризированная система проветривания зерна и наблюдения за его температурой. В собственных хранилищах предприятие может разместить до 11 200 тонн зерна.